自然界存在大量有害微生物。孵化廠的廢棄物、蛋殼、絨毛等，加上孵化時的溫、濕度條件，又是其繁殖生長的良好環(huán)境，若不注意對孵化廠環(huán)境、孵化器具及種蛋的嚴(yán)格消毒，一旦疫病流行，將會帶來災(zāi)難性后果。

孵化廠環(huán)境應(yīng)堅持每周1次消毒。常用的消毒藥品有：燒堿、過氧乙酸、新潔爾滅等，使用濃度分別為1%、0.3%~0.5%、5%。將消毒藥品按上述使用濃度對水噴酒。孵化廠應(yīng)保持清潔，孵化廠嚴(yán)禁非工作人員入內(nèi)，工作人員進入孵化廠也應(yīng)經(jīng)嚴(yán)格消毒、更衣后方可入內(nèi)。

孵化機的消毒多采用甲醛熏蒸。一般每立方米空間用42毫升甲醛溶液加21克高猛酸鉀，在溫度20~24℃，相對濕度70%~80%的條件下，密閉熏蒸30分鐘左右。

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